湖口起義之后，袁世凱在政治上仍小心翼翼，避免樹(shù)敵過(guò)多，并緊緊抓住“民國(guó)”的招牌，以爭(zhēng)取中間派。7月15日，袁除下令褫奪李烈鈞軍職，命令歐陽(yáng)武、李純?cè)O(shè)法拿辦外，沒(méi)有涉及其他人，以姑示寬大。17日，袁世凱以斥責(zé)歐陽(yáng)武通電(此電系江西革命黨人用歐陽(yáng)名義發(fā)表)的形式，從政治上聲明了自己的立場(chǎng)。他聲稱：“共和民國(guó)以人民為主體，而人民代表以國(guó)會(huì)為機(jī)關(guān)。政治不善，國(guó)會(huì)有監(jiān)督之責(zé)；政府不良，國(guó)會(huì)有彈劾之例。大總統(tǒng)由國(guó)會(huì)選舉，與君主時(shí)代子孫帝王萬(wàn)世之業(yè)迥不相同。今國(guó)會(huì)早開(kāi)，人民代表咸集都下，憲法未定，約法尚存。非經(jīng)國(guó)會(huì)，無(wú)自發(fā)生監(jiān)督之權(quán)，更無(wú)擅自立法之理。豈少數(shù)人所能自由起滅，亦豈能由少數(shù)人權(quán)利之爭(zhēng)，掩盡天下人民代表之耳目？”他譴責(zé)歐陽(yáng)“捏詞污蔑，稱兵犯順，視政府如仇敵，視國(guó)會(huì)若土苴，推翻共和，破壞民國(guó)，全國(guó)公敵，萬(wàn)世罪人”。但他對(duì)歐陽(yáng)本人留有余地，認(rèn)為“難保非僉壬挾持，假借名義”^[1]。這篇冠冕堂皇的辯詞，雖然顛倒黑白，信口雌黃，但他既然緊緊抓住了“共和”、“國(guó)會(huì)”的旗幟，又后發(fā)制人，不涉及其他人，甚至故意不涉及正在指揮革命的領(lǐng)袖人物，這樣就對(duì)中間派具有迷惑力，并對(duì)革命黨人具有牽制和分化的作用。
贛、寧戰(zhàn)事全面展開(kāi)之后，袁世凱遲至7月21日才正式發(fā)布“平叛”通令，宣布“用兵定亂，為行使約法上之統(tǒng)治權(quán)，民國(guó)政府當(dāng)然有此責(zé)任”^[2],同時(shí)宣布在北京和戰(zhàn)地戒嚴(yán)。翌日，又命令褫奪黃興、陳其美、柏文蔚榮典軍職。孫中山發(fā)布討袁的宣言和通電之后，即7月23日，袁世凱僅命令銷(xiāo)去孫中山籌辦全國(guó)鐵路全權(quán)，避免采取更嚴(yán)峻的措施。雖然，這時(shí)袁世凱已同革命黨人全面決裂，但他在策略上仍保持著彈性，以爭(zhēng)取中間派的支持。
在整個(gè)二次革命過(guò)程中，各地的獨(dú)立運(yùn)動(dòng)，幾乎無(wú)一不是在猶豫、遲疑、觀望、動(dòng)搖之中勉強(qiáng)進(jìn)行的，到處都呈現(xiàn)著冷冷清清的局面。革命黨人既沒(méi)有發(fā)動(dòng)群眾，也沒(méi)有鎮(zhèn)壓在內(nèi)部猖狂活動(dòng)的敵人。一批不可靠的同盟者，掌握著獨(dú)立運(yùn)動(dòng)中的軍權(quán)和政權(quán)，革命黨人缺乏忠誠(chéng)可靠的力量。當(dāng)南京獨(dú)立取消之后，各地的反獨(dú)立分子就囂張起來(lái)，從內(nèi)部瓦解著討袁陣線。北洋軍隊(duì)尚未南下，各地的獨(dú)立就紛紛取消了。
福建在獨(dú)立各省中是最缺少生氣的一個(gè)省。都督孫道仁雖佯附革命，實(shí)際上他在旅長(zhǎng)孫寶镕支持下，密謀調(diào)集舊部來(lái)扼殺革命。福建討袁軍總司令許崇智主要依靠新兵的支持，力量不足。他看到孫無(wú)意革命，企圖把孫推倒。但孫有舊部支持，許不敢貿(mào)然發(fā)動(dòng)。當(dāng)寧、滬失利的消息傳來(lái)，許崇智看到形勢(shì)不利，即于7月31日離開(kāi)福州，逃往香港。8月1日，孫道仁密電在京的前福建十四師師長(zhǎng)杜持，說(shuō)明閩中反袁的真相，并要杜向袁世凱政府“秘密陳明”:“閩省情形，須廣東勢(shì)衰，贛省肅清，閩省即可取消脫離字樣?！?sup>[3]孫道仁一直小心翼翼地控制著福建局面，他雖早已與袁世凱密電往還，但直至大局明朗，才于8月13日正式通電各界，陳明“苦衷”,宣布取消脫離袁政府。
廣東都督陳炯明自宣布獨(dú)立之后，一直督促部隊(duì)出師北伐。但師旅長(zhǎng)們陽(yáng)奉陰違，北伐之師始終未出羊城一步，陳炯明不得不強(qiáng)令8月1日出師，但這時(shí)龍濟(jì)光已經(jīng)率部自梧州進(jìn)逼廣州。7月30日，駐肇慶警衛(wèi)軍管帶李耀漢叛變，投降龍氏。要隘失守，陳炯明不得不先行對(duì)付龍濟(jì)光，命第三旅旅長(zhǎng)葉舉前往三水一線布防。廣東援贛之師被迫停止出發(fā)。
龍氏進(jìn)逼，葉舉外調(diào)，那些駐在廣州密謀叛變的軍官們就大肆活動(dòng)起來(lái)。當(dāng)時(shí)，廣東反對(duì)派人物如黃士龍、李準(zhǔn)等都或明或暗地派出暗探進(jìn)行策反活動(dòng)。正當(dāng)廣州局勢(shì)緊張之際，岑春煊自滬偕李根源到達(dá)廣州。他們立即著手爭(zhēng)取鐘鼎基、蘇慎初、張我權(quán)，希望他們積極反袁，但沒(méi)有成效。岑又派人拿了自己的親筆函件去勸龍濟(jì)光反袁，但龍不念舊恩，對(duì)來(lái)人十分冷淡。李根源為了挽救危局，就同自京回粵的鄒魯一起去見(jiàn)陳炯明，提出“殺攜貳之將領(lǐng)一二人，軍心自振”^[4]。陳害怕發(fā)生兵變，不敢采取果斷行動(dòng)，僅逮捕密謀叛亂的第一師參謀陳鐘英等三人。結(jié)果，打草驚蛇，鐘鼎基、張我權(quán)聞?dòng)嵱?月3日逃往香港。
這時(shí)，孫中山正在赴粵途中，他派張繼、馬君武先行抵粵聯(lián)系。陳炯明鑒于軍心不穩(wěn)，只好請(qǐng)張、馬前往香港勸阻孫中山。孫中山于8月3日到達(dá)福州馬尾，得悉廣州局勢(shì)不穩(wěn)，二次革命的敗局已無(wú)可挽回，只得偕胡漢民改道臺(tái)灣，流亡日本。
8月4日午后1時(shí)，馮德輝受黃士龍唆使，赴燕塘策動(dòng)炮兵團(tuán)和輜重營(yíng)叛變，自稱粵軍界臨時(shí)總司令，炮擊都督府。陳炯明匆匆忙忙槍殺了陳鐘英等三人，然后逃往香港。廣州商會(huì)等團(tuán)體推舉蘇慎初為代理都督，宣布取消獨(dú)立，維持地方秩序。翌日，獨(dú)立第五旅又逼迫蘇慎初下野，擁張我權(quán)為都督。黃士龍也返廣州活動(dòng)，企圖撈上一把。但袁世凱早已于8月3日任命龍濟(jì)光為廣東都督，自然不承認(rèn)廣東方面的擁立。龍部濟(jì)軍繼續(xù)向廣州前進(jìn)。
8月10日晚，原駐三水陸軍第二團(tuán)一部返省，駐扎觀音山原來(lái)的營(yíng)房。11日，龍部濟(jì)軍抵達(dá)廣州，蠻橫地逼迫陸軍遷出觀音山，引起了陸軍的憤怒，與濟(jì)軍發(fā)生沖突。隨后，濟(jì)軍陸續(xù)到達(dá)，到處逼迫陸軍讓營(yíng)，一些革命黨人也策動(dòng)陸軍士兵殺掉官長(zhǎng)后抵抗?jié)?。?jì)、陸兩軍在廣州城內(nèi)斷斷續(xù)續(xù)激戰(zhàn)三日，陸軍的反抗并無(wú)組織，遂全部潰散。龍濟(jì)光全面控制了廣州，那些擁袁的陸軍軍官們也被迫離開(kāi)了廣州，一無(wú)所得。后來(lái)，鄒魯曾企圖重新舉事，被龍察覺(jué)，廣州警察局長(zhǎng)陳景華等被殺。廣東的討袁獨(dú)立運(yùn)動(dòng)完全失敗。
湖南都督譚延闿在宣布獨(dú)立之后，心懷鬼胎，居心叵測(cè)。他和黎元洪密商之后，以討袁為名，將省城擁護(hù)革命的軍隊(duì)由第一軍司令程子楷、副司令趙恒惕率領(lǐng)，調(diào)赴岳州；又以蔣翊武為鄂豫招討使駐岳州，部署對(duì)湖北軍事；并派唐蟒率新兵援贛。但援贛軍行動(dòng)遲緩，湘軍抵達(dá)萍鄉(xiāng)時(shí)，李烈鈞已經(jīng)退出南昌了。譚將革命黨人率領(lǐng)的軍隊(duì)調(diào)走之后，乘省城空虛，以親信余道南為省防守備隊(duì)司令，又以自己的親信童錫梁等為新募五營(yíng)管帶，從而控制了省城長(zhǎng)沙。譚延闿布置完畢以后，即于8月11日密電袁世凱表示輸誠(chéng)：“湘事措置無(wú)方，咎在延闿一人，惟維持操縱，實(shí)具苦衷?，F(xiàn)情安謐，終當(dāng)始終保持，不敢上煩藎憂?！?sup>[5]8月13日，譚延闿公開(kāi)出示布告，宣布取消獨(dú)立：“現(xiàn)在閩、粵、寧、皖，已均各取消獨(dú)立，大勢(shì)所趨，皆以保境息民為主。湘省既不能以獨(dú)立為支柱，又何可以全省為犧牲？于事無(wú)裨，于心不忍。本都督已一面發(fā)布命令，即行罷兵；一面電達(dá)中央，靜待處分?！?sup>[6]在取消獨(dú)立時(shí)，有人主張“應(yīng)殺一、二有名人物謝中央，借為取消話柄”^[7]。但譚延闿是個(gè)圓滑的官僚，他并不打算與革命黨人完全斷絕瓜葛，以為自己的政治生命留有后路。因此，他不僅眼開(kāi)眼閉地讓湘、贛革命黨人逃脫袁世凱的追捕，還親自接待了李烈鈞。他在一封電報(bào)中說(shuō)：“湖南宣布獨(dú)立，水到渠成，延闿不任其咎；湖南取消獨(dú)立，瓜熟蒂落，延闿不居其功?！?sup>[8]這兩句滑頭話，典型地反映了他的政治品格。這種適應(yīng)中國(guó)社會(huì)復(fù)雜形勢(shì)的兩面手法，為譚日后在政界的浮沉打下了基礎(chǔ)。
當(dāng)時(shí)，湖南一批激進(jìn)的革命黨人對(duì)譚延闿取消獨(dú)立十分不滿，于9月9日再次發(fā)動(dòng)獨(dú)立，進(jìn)攻都督府。譚延闿事先獲得諜報(bào)，作了戒備，“遇犯即殺”^[9],殘酷地鎮(zhèn)壓了暴動(dòng)，暴動(dòng)的領(lǐng)導(dǎo)人劉崧衡等遇害。譚延闿對(duì)人說(shuō)：“我平日何嘗欲殺人，越不殺人越不得結(jié)束，故我不得不殺人，以穩(wěn)定局勢(shì)?！?sup>[10]革命黨人的尸骨，最終成了他贏得袁世凱寬恕的墊腳石。
安徽各地宣布獨(dú)立之后，柏文蔚奉黃興之命赴蚌埠成立安徽討袁軍總司令部，皖北各部赴正陽(yáng)關(guān)集中，淮上屯田部隊(duì)則由張匯滔率領(lǐng)扼守鳳臺(tái)—壽州一線。倪嗣沖獲得壽州獨(dú)立的消息后，即率八營(yíng)兵力開(kāi)抵潁上，進(jìn)逼正陽(yáng)關(guān)，在魯口與皖軍隔河對(duì)峙，遭到皖軍的襲擊。因當(dāng)時(shí)河水盛漲，進(jìn)兵困難，雙方?jīng)]有發(fā)生重大戰(zhàn)斗。7月20日，豫督張鎮(zhèn)芳遣旅長(zhǎng)王鈺錦率一支隊(duì)自周口出發(fā)，增援倪嗣沖。
在安慶、蕪湖方面，蕪湖革命黨人對(duì)孫多森、胡萬(wàn)泰的“獨(dú)立”十分懷疑。張永正部遂以援贛為名，沿江上溯，于7月19日進(jìn)攻大通，與胡萬(wàn)泰部發(fā)生戰(zhàn)斗，其目的是與胡爭(zhēng)奪大通鹽厘的財(cái)政收入。胡部不敵，退回安慶，胡、孫相偕乘船逃往上海。但船到南京后，胡萬(wàn)泰卻留了下來(lái)，跑到柏文蔚身邊進(jìn)行投機(jī)。胡的父親胡殿甲為淮軍宿將，與段祺瑞系世交，而與柏文蔚同鄉(xiāng)，關(guān)系也不錯(cuò)。所以，柏對(duì)胡表示信任。孫、胡離皖后，柏文蔚的親信、憲兵司令祁耿寰自稱都督。7月23日，商團(tuán)推舉劉國(guó)棟為都督，出兵驅(qū)逐了祁耿寰。于是，安徽革命黨人要求柏文蔚回鎮(zhèn)安慶。時(shí)徐州戰(zhàn)事失利，黃興為了穩(wěn)定上游局勢(shì)，也促柏速回安慶。7月27日，柏文蔚率部回皖，胡萬(wàn)泰隨行，劉國(guó)棟聞風(fēng)潛逃。柏回皖后，其部下曾向他陳述胡萬(wàn)泰不可靠，但柏不聽(tīng)，命胡率第一線部隊(duì)至太湖方向作戰(zhàn)，并部署淮上各軍分三路迎擊倪嗣沖。
倪嗣沖在得到豫軍的支援后，以豫軍虎視正陽(yáng)關(guān)，自己親率主力向鳳臺(tái)轉(zhuǎn)移。7月31日起，倪部向鳳臺(tái)外圍陣地發(fā)起進(jìn)攻?；瓷嫌懺娭髁υ邙P臺(tái)城外布防。8月2日凌晨，倪部向討袁軍發(fā)動(dòng)猛攻。討袁軍竭力抵御，支持至下午2時(shí)，被迫退守鳳臺(tái)；下午4時(shí)，又放棄鳳臺(tái)渡淮潰退。3日夜，倪軍渡淮，討袁軍繼續(xù)潰退。正在南下的馮國(guó)璋，分兵一團(tuán)，協(xié)同攻擊壽州。5日，壽州失守，張匯滔率部退向廬州，被駐軍夏永倫部包圍，張僅率少數(shù)人突圍逃亡。6日，豫軍占領(lǐng)正陽(yáng)關(guān)，淮上討袁軍全部失敗。
當(dāng)淮上失敗的消息傳出，胡萬(wàn)泰在軍中得悉后，立即率部回師安慶，蠢蠢欲動(dòng)。這時(shí)，柏文蔚已接到黃興密電說(shuō)：“大勢(shì)已去，無(wú)能為力，弟已他往，望兄相機(jī)引退，留此身以待后用。”^[11]葛應(yīng)龍、端木璜生等也以函電向柏報(bào)告南京混亂情況，事為胡萬(wàn)泰所探悉。胡即于8月6日面見(jiàn)柏文蔚，諷柏離皖出走。柏文蔚見(jiàn)胡不懷好意，盡量與之敷衍。7日凌晨1時(shí)，胡萬(wàn)泰、顧琢塘在城外與反對(duì)革命的皖軍第一師第一團(tuán)團(tuán)長(zhǎng)柴寶山部署叛變。8月7日8時(shí)，以柴部為主力，自城外發(fā)動(dòng)進(jìn)攻，獲內(nèi)應(yīng)入城，圍攻都督府。柏文蔚率衛(wèi)隊(duì)抵抗，叛軍遭到城西獅子山炮兵的襲擊，被迫轉(zhuǎn)移兵力，先行占領(lǐng)獅子山。柏文蔚乘機(jī)向南突圍，經(jīng)大通退往蕪湖，與龔振鵬會(huì)合。
胡萬(wàn)泰于叛變的當(dāng)天，即通電取消獨(dú)立。翌日，鮑貴卿率部由九江乘軍艦開(kāi)抵安慶，由胡萬(wàn)泰迎入城內(nèi)。至此，安徽僅蕪湖尚在討袁軍掌握之中。

當(dāng)安慶失陷之時(shí)，長(zhǎng)江門(mén)戶吳淞尚掌握在討袁軍手中。吳淞原由姜國(guó)梁率廣軍駐守，段祺瑞派到上海的前第九師師長(zhǎng)鄭為成及蔡春華等人對(duì)廣軍進(jìn)行了策反活動(dòng)，廣軍動(dòng)搖，偷走炮閂，圖謀叛變，姜國(guó)梁出走。陳其美派白逾桓、居正率鎮(zhèn)軍平叛，扼守炮臺(tái)。7月26日，海軍進(jìn)攻吳淞，白、居指揮臺(tái)兵反擊，聯(lián)鯨艦受傷投降。劉冠雄抵達(dá)吳淞口后，一再指揮海軍進(jìn)攻，屢攻不克。時(shí)劉福彪部由南市撤守江灣，經(jīng)程德全的勾誘，陰謀叛變。7月31日，程命令劉福彪倒戈，反攻吳淞炮臺(tái)，策應(yīng)海軍。命令為居正截獲。8月6日，居正率部主動(dòng)進(jìn)攻，將劉部擊潰。但是，本來(lái)就十分微薄的炮臺(tái)兵力，就更加衰弱了。適鈕永建率部到達(dá)吳淞，遂推鈕為總司令，鎮(zhèn)壓了通敵的水上警察，協(xié)同守御吳淞。當(dāng)時(shí)，北軍因不能通過(guò)租界行軍，行動(dòng)遲緩，故于8月11日才進(jìn)抵江灣，江蘇第二師也進(jìn)抵瀏河，吳淞被圍。11日夜，鈕永建夜襲北軍，小有斬獲，但因兵力薄弱，無(wú)法擴(kuò)大戰(zhàn)果。12日早，滬、淞信息斷絕，居部各軍官逃走一空，軍心動(dòng)搖。是日，紅十字會(huì)醫(yī)生柯司奔波于海軍與炮臺(tái)之間，與雙方協(xié)商和平解決。是夜，討袁軍和平讓出吳淞炮臺(tái)，退往嘉定、羅店之間。翌日，吳淞炮臺(tái)由海軍占領(lǐng)。長(zhǎng)江門(mén)戶洞開(kāi)，北軍源源入口。討袁軍殘部退至太倉(cāng)后遣散，但隊(duì)伍尚未散盡。北軍趕到，立即對(duì)手無(wú)寸鐵的遣散官兵大肆搜殺。至此，上海討袁軍完全失敗。