今天，在庫車、吐魯番、鄯善等地仍留存著這些歷史悠久、豐富多彩的石窟群。最著名的是龜茲石窟中的克孜爾千佛洞、庫木吐拉千佛洞及吐魯番的柏孜克里克千佛洞。
克孜爾千佛洞，位于拜城縣克孜爾鎮(zhèn)東南約七公里的渭干河河谷的北岸，一高達(dá)四十米左右的懸崖上，東距庫車有六十七公里。它是塔里木盆地邊緣地區(qū)最大的一處石窟遺址，1961年被列為全國第一批重點文物保護(hù)單位?？俗螤柷Х鸲匆郎嚼@水，古樹郁郁蔥蔥，花草茂密青翠。尤其它附近一條幽深山坳中的“千淚泉”,那水從三面如峭，布滿青苔的陡壁上滴落，叮咚成曲，更為它增添了詩情畫意。這里實在是佛教徒苦修的理想環(huán)境。關(guān)于“千淚泉”還有個傳說故事：古龜茲公主愛上了一位英俊的青年。這青年卻在修鑿千佛洞時勞累過度而身亡。從此，公主天天坐在這里哭泣。這泉水便是公主的淚水化成。克孜爾千佛洞共有二百三十六個石窟，現(xiàn)窟形較完整并有較完好壁畫的有七十余個石窟，現(xiàn)有的壁畫尚存約五千平方米。這些壁畫中，除少數(shù)以連續(xù)性畫面表現(xiàn)外，其余均采取菱格畫的單幅構(gòu)畫形式，用鐵線勾勒與色彩暈染相結(jié)合的手法來表現(xiàn)人物形象，線條流暢，層次清楚，富于立體感。題材主要為佛傳、因緣、本生和供養(yǎng)故事，并可見許多表現(xiàn)耕種、狩獵、商旅往來、音樂歌舞和民族風(fēng)貌的畫面。眾多的伎樂飛天和龜茲舞蹈，少女體態(tài)輕盈，舞姿優(yōu)美。有關(guān)商旅往來的畫面為數(shù)更多，展現(xiàn)出“絲綢之路”上商旅的各種艱難歷程。石窟里的塑像多已毀壞，或被外國“探險者”于20世紀(jì)初盜走。
克孜爾千佛洞約開創(chuàng)于東漢末年，盛于初唐，8世紀(jì)末吐蕃(古代藏族政權(quán)名)占領(lǐng)龜茲后逐漸廢棄。它的特殊窟形、壁畫題材和藝術(shù)風(fēng)格，深刻反映了龜茲佛教的狀況，代表了龜茲民族的文化藝術(shù)水準(zhǔn)，在我國石窟藝術(shù)中占有重要地位。它對研究龜茲社會歷史、佛教文化以及中西關(guān)系無不具有重要意義。
庫木吐拉千佛洞位于庫車縣西南約三十公里處、渭干河畔的懸崖陡壁上，與克孜爾千佛洞直線相距十五公里左右。它現(xiàn)已有編號石窟一百一十二個，其中三十一個保存有完整的壁畫。它最早開鑿于南北朝時，高昌回鶻時期較為繁盛，元朝逐漸衰敗廢棄。這里陡峭的懸崖與湍流的河水相映成趣，人入其中，如處仙境。清朝徐松《西域水道記》專門對它介紹說：“渭干河?xùn)|流，折而南凡四十余里，經(jīng)丁谷山西，山勢斗絕。上有石室五所，高丈余，深二丈許，就壁鑿佛像數(shù)十鋪，瓔珞香花，丹青斑駁?！睅炷就吕Х鸲蠢?，唐代壁畫數(shù)量最多，內(nèi)容和畫風(fēng)均接近中原藝術(shù)，出現(xiàn)了不少“西方凈土”、“東方藥師”、“法華”、“彌勒”等大型經(jīng)變故事畫。晚期壁畫的藝術(shù)風(fēng)格非常接近敦煌莫高窟同期作品。龜茲畫師們以豐富的想象力，把現(xiàn)實和幻想糅合在一起，變成了一幅幅現(xiàn)實主義和浪漫主義相結(jié)合的生動畫面。這些壁畫既有中國畫那種豐富多變的線條，又有本地傳統(tǒng)的凹凸暈染法技藝，形成獨具風(fēng)格的龜茲畫風(fēng)。另外，由于庫木吐拉地處龜茲國都與安西都護(hù)府附近，使這里除有部分龜茲文題記外，漢文題字最多，并證實部分石窟是漢人開鑿的。1961年它被定為第一批全國重點文物保護(hù)單位。
柏孜克里克千佛洞位于吐魯番市東北約六十公里的火焰山木頭溝西的崖壁上。洞窟有的是在木頭溝的階地懸崖上穿鑿而成，有的是在懸崖上用土塊砌成，整齊櫛比，雄偉壯觀。它最早開鑿于南北朝時期，衰敗廢棄于元朝。這里曾經(jīng)是高昌回鶻王國的王家貴族寺院。今這里編號的洞窟有七十七個，其中保留有壁畫的約四十多個，壁畫面積一千二百多平方米。1982年被列為全國重點文物保護(hù)單位。柏孜克里克千佛洞的眾多壁畫中，有以大型立佛為中心的“佛本行經(jīng)”變故事畫，有“西方凈土變”等故事畫，還繪有伎樂圖和花鳥圖，體裁多樣，富有民族特色。有的壁畫里保存著回鶻文、漢文、波羅謎等文字的題記。這些都是研究新疆各民族，特別是維吾爾族語言文字、音樂舞蹈和歷史文化的寶貴資料。